- 제1대
- 최순직 총장 Th.D.
- 1999.03 - 2000.02
- 제2대
- 차영배 총장 Drs.
- 2000.02 - 2004.02
- 제3대
- 권정희 총장 D.Min.
- 2004.02 - 2004.10
- 제4대
- 노왈수 총장 D.R.E.
- 2004.10 - 2008.02
- 제5대
- 박형용 총장 S.T.D.
- 2008.02 - 2012.02
- 제6대
- 노왈수 총장 D.R.E.
- 2012.02 - 2014.02
- 제7대
- 권호덕 총장 Dr.theol.
- 2014.02 - 2017.02
- 제8대
- 최흥식 총장 Ph.D.
- 2017.03 - 2019.02
- 제9대
- 현유광 총장 Ed.D.
- 2019.03 - 2022.02
